Το Γενικό Εκκλησιαστικό Λύκειο συστεγάζεται με το Γυμνάσιο. Η φοίτηση είναι τριετής. Οι μαθητές παίρνουν απολυτήριο Γενικού Λυκείου ισότιμο με τα άλλα δημόσια Λύκεια. Μπορούν να  ακολουθήσουν τη Θεωρητική ή τη Θετική ή την Τεχνολογική κατεύθυνση.

Στην πρώτη τάξη εγγράφονται οι κάτοχοι απολυτηρίου Γυμνασίου Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης. Στις τάξεις Β΄ και Γ΄, η εγγραφή γίνεται με μεταγραφή.

Το πρόγραμμα των τριών τάξεων του Εκκλησιαστικού Λυκείου είναι περίπου το ίδιο με το πρόγραμμα των άλλων Γενικών Λυκείων, με κάποια διαφοροποίηση στα θεολογικά μαθήματα (διδάσκονται κατά τάξη επιπλέον ειδικά θρησκευτικά μαθήματα και Βυζαντινή Μουσική)

Οι απόφοιτοι της Γ΄ τάξης μπορούν να λάβουν μέρος στις Πανελλήνιες εξετάσεις για την εισαγωγή τους σε Ανώτερες Εκκλησιαστικές Σχολές, στα Τ.Ε.Ι. και στα Α.Ε.Ι.

Εβδομαδιαία παρέχεται Πρόσθετη Διδακτική Στήριξη σε όλα τα πανελλαδικώς εξεταζόμενα μαθήματα -δωρεάν- με σκοπό τη συστηματική προετοιμασία των μαθητών στις Πανελλήνιες Εξετάσεις.